Existem várias maneiras de contar a história do Boitatá, a versão que os jesuítas contavam era a seguinte:
O Boitatá era uma cobra gigantesca, era ondulada e pegava fogo por todo seu corpo. Tinha os olhos como dois grandes faróis, couro transparente, que durante a noite cintilava enquanto deslizava nas campinas e na beira dos rios. Dizia também que o Boitatá podia se transformar em uma tora em brasa, para assim poder queimar e punir quem coloca fogo nas matas. Outra parte da lenda diz que quem olha para o Boitatá fica cego, pode morrer ou até ficar louco.
Nessas regiões brasileiras, o Boitatá é visto como o defensor das matas e florestas, ele protege as matas das pessoas que provocam a queimada. Acreditam que ele vive em rios e lagos e sai de seu habitat para queimar as pessoas que aparecem para causar os incêndios. Assim como na versão dos jesuítas, nessa versão o Boitatá também pode se transformar em uma tora de fogo.
Para os sulistas, a explicação para o surgimento dessa cobra de fogo está relacionada ao dilúvio. Acreditam que após o dilúvio muitos animais morreram e as cobras ficaram rindo felizes, pois havia alimento em abundância. E então suas barrigas começaram a pegar fogo, iluminando todo corpo, essa foi uma forma de castigo para elas.
Em Santa Catarina, o Boitatá é descrito de outra maneira, como um touro de pata como a dos gigantes e com um enorme olho bem no meio da testa, que brilha com um tição de fogo.
A lenda diz que teve uma época onde as matas ficaram na escuridão, sem a luz do sol. Houve fortes tempestades, que acabou matando vários animais. Um dos poucos que restaram foi a cobra, sem ter do que se alimentar começou a comer os olhos dos animais mortas, que brilhavam no escuro. Quanto mais elas comiam mais se acumulava os olhos brilhosos. Foi aí que seu corpo ficou todo iluminado e transparente.